MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Lactobacillus casei LC2W chromosome

Total Repeats: 49082

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017473	GAA	2	6	129	134	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385818535
2	NC_017473	CGGT	2	8	142	149	0 %	25 %	50 %	25 %	385818535
3	NC_017473	ACAG	2	8	164	171	50 %	0 %	25 %	25 %	385818535
4	NC_017473	CTT	2	6	220	225	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385818535
5	NC_017473	CAGC	2	8	333	340	25 %	0 %	25 %	50 %	385818535
6	NC_017473	GAA	2	6	369	374	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385818535
7	NC_017473	GCT	2	6	474	479	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385818535
8	NC_017473	ACA	2	6	504	509	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385818535
9	NC_017473	TTTA	2	8	522	529	25 %	75 %	0 %	0 %	385818535
10	NC_017473	TGG	2	6	530	535	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385818535
11	NC_017473	ATA	2	6	589	594	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385818535
12	NC_017473	CAG	2	6	598	603	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385818535
13	NC_017473	CAAAC	2	10	660	669	60 %	0 %	0 %	40 %	385818535
14	NC_017473	CTG	2	6	708	713	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385818535
15	NC_017473	GAT	2	6	720	725	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818535
16	NC_017473	T	6	6	732	737	0 %	100 %	0 %	0 %	385818535
17	NC_017473	CA	3	6	752	757	50 %	0 %	0 %	50 %	385818535
18	NC_017473	GAA	2	6	759	764	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385818535
19	NC_017473	T	6	6	765	770	0 %	100 %	0 %	0 %	385818535
20	NC_017473	GCCT	2	8	826	833	0 %	25 %	25 %	50 %	385818535
21	NC_017473	GGTT	2	8	859	866	0 %	50 %	50 %	0 %	385818535
22	NC_017473	TAA	2	6	875	880	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385818535
23	NC_017473	TGTC	2	8	886	893	0 %	50 %	25 %	25 %	385818535
24	NC_017473	ACGT	2	8	1012	1019	25 %	25 %	25 %	25 %	385818535
25	NC_017473	TGA	2	6	1121	1126	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818535
26	NC_017473	GAAA	2	8	1207	1214	75 %	0 %	25 %	0 %	385818535
27	NC_017473	GC	3	6	1260	1265	0 %	0 %	50 %	50 %	385818535
28	NC_017473	CGG	2	6	1307	1312	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385818535
29	NC_017473	A	6	6	1345	1350	100 %	0 %	0 %	0 %	385818535
30	NC_017473	TGA	2	6	1370	1375	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818535
31	NC_017473	ATG	2	6	1644	1649	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818536
32	NC_017473	AAC	2	6	1672	1677	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385818536
33	NC_017473	CAACG	2	10	1771	1780	40 %	0 %	20 %	40 %	385818536
34	NC_017473	AAT	2	6	1787	1792	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385818536
35	NC_017473	TCA	2	6	1911	1916	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385818536
36	NC_017473	CAT	2	6	2197	2202	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385818536
37	NC_017473	A	6	6	2256	2261	100 %	0 %	0 %	0 %	385818536
38	NC_017473	CAA	2	6	2455	2460	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385818536
39	NC_017473	GAA	2	6	2537	2542	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385818536
40	NC_017473	CAA	2	6	2554	2559	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385818536
41	NC_017473	GCG	2	6	2565	2570	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385818536
42	NC_017473	AGA	2	6	2689	2694	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385818536
43	NC_017473	TCA	2	6	2715	2720	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385818536
44	NC_017473	ATA	3	9	2861	2869	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385818537
45	NC_017473	ACGT	2	8	2961	2968	25 %	25 %	25 %	25 %	385818537
46	NC_017473	GAA	2	6	2976	2981	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385818537
47	NC_017473	TAG	3	9	3007	3015	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818537
48	NC_017473	ACA	2	6	3596	3601	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385818538
49	NC_017473	T	6	6	3619	3624	0 %	100 %	0 %	0 %	385818538
50	NC_017473	GAG	2	6	3725	3730	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	385818538
51	NC_017473	GAT	2	6	3755	3760	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818538
52	NC_017473	GGCC	2	8	3772	3779	0 %	0 %	50 %	50 %	385818538
53	NC_017473	TGC	2	6	3843	3848	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385818539
54	NC_017473	ACA	2	6	3856	3861	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385818539
55	NC_017473	AATC	2	8	3923	3930	50 %	25 %	0 %	25 %	385818539
56	NC_017473	TCA	2	6	4065	4070	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385818539
57	NC_017473	AAC	2	6	4100	4105	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385818539
58	NC_017473	CT	3	6	4111	4116	0 %	50 %	0 %	50 %	385818539
59	NC_017473	GCG	2	6	4191	4196	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385818539
60	NC_017473	AGC	2	6	4274	4279	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385818539
61	NC_017473	AGC	2	6	4295	4300	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385818539
62	NC_017473	ATC	2	6	4307	4312	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385818539
63	NC_017473	TGAC	2	8	4343	4350	25 %	25 %	25 %	25 %	385818539
64	NC_017473	GC	4	8	4384	4391	0 %	0 %	50 %	50 %	385818539
65	NC_017473	GTT	2	6	4395	4400	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385818539
66	NC_017473	TGC	2	6	4419	4424	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385818539
67	NC_017473	AGC	2	6	4550	4555	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385818539
68	NC_017473	GC	3	6	4558	4563	0 %	0 %	50 %	50 %	385818539
69	NC_017473	GAT	2	6	4603	4608	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818539
70	NC_017473	GTT	2	6	4611	4616	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385818539
71	NC_017473	CAA	2	6	4660	4665	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385818539
72	NC_017473	CAC	2	6	4668	4673	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385818539
73	NC_017473	TGT	2	6	4754	4759	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385818539
74	NC_017473	ACC	2	6	4828	4833	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385818539
75	NC_017473	ATC	2	6	4861	4866	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385818539
76	NC_017473	TGA	2	6	4890	4895	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818539
77	NC_017473	TGA	2	6	4959	4964	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818540
78	NC_017473	AAGA	2	8	5055	5062	75 %	0 %	25 %	0 %	385818541
79	NC_017473	GAAGA	2	10	5070	5079	60 %	0 %	40 %	0 %	385818541
80	NC_017473	GGC	2	6	5090	5095	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385818541
81	NC_017473	ATG	2	6	5101	5106	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818541
82	NC_017473	CCAG	2	8	5107	5114	25 %	0 %	25 %	50 %	385818541
83	NC_017473	AGC	2	6	5178	5183	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385818541
84	NC_017473	CAT	2	6	5193	5198	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385818541
85	NC_017473	TGA	2	6	5228	5233	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818541
86	NC_017473	GCTG	2	8	5237	5244	0 %	25 %	50 %	25 %	385818541
87	NC_017473	TTGAAG	2	12	5260	5271	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818541
88	NC_017473	ATA	2	6	5281	5286	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385818541
89	NC_017473	GGT	2	6	5385	5390	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385818541
90	NC_017473	CGG	4	12	5396	5407	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385818541
91	NC_017473	GTG	2	6	5491	5496	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385818541
92	NC_017473	TAC	2	6	5505	5510	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385818541
93	NC_017473	GGCAC	2	10	5556	5565	20 %	0 %	40 %	40 %	385818541
94	NC_017473	GAT	2	6	5637	5642	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818541
95	NC_017473	ACC	2	6	5652	5657	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385818541
96	NC_017473	GC	3	6	5714	5719	0 %	0 %	50 %	50 %	385818541
97	NC_017473	GGC	2	6	5754	5759	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385818541
98	NC_017473	A	6	6	5790	5795	100 %	0 %	0 %	0 %	385818541
99	NC_017473	GACAA	2	10	5830	5839	60 %	0 %	20 %	20 %	385818541
100	NC_017473	TTG	2	6	5892	5897	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385818541
101	NC_017473	CAA	2	6	5906	5911	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385818541
102	NC_017473	GGC	2	6	5928	5933	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385818541
103	NC_017473	GAT	2	6	6015	6020	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818541
104	NC_017473	GAT	2	6	6033	6038	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818541
105	NC_017473	CGG	2	6	6055	6060	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385818541
106	NC_017473	GGT	2	6	6137	6142	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385818541
107	NC_017473	GGC	2	6	6245	6250	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385818541
108	NC_017473	CCTG	2	8	6302	6309	0 %	25 %	25 %	50 %	385818541
109	NC_017473	ACA	2	6	6322	6327	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385818541
110	NC_017473	ATT	2	6	6353	6358	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385818541
111	NC_017473	TCG	2	6	6361	6366	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385818541
112	NC_017473	TGG	2	6	6380	6385	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385818541
113	NC_017473	GAA	2	6	6489	6494	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385818541
114	NC_017473	CCGATG	2	12	6583	6594	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	385818541
115	NC_017473	TTG	2	6	6618	6623	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385818541
116	NC_017473	GCC	2	6	6686	6691	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385818541
117	NC_017473	AT	3	6	6725	6730	50 %	50 %	0 %	0 %	385818541
118	NC_017473	GAA	2	6	6741	6746	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385818541
119	NC_017473	GCC	2	6	6770	6775	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385818541
120	NC_017473	GAC	2	6	6842	6847	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385818541
121	NC_017473	TGTT	2	8	6976	6983	0 %	75 %	25 %	0 %	385818541
122	NC_017473	AAC	2	6	6990	6995	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385818541
123	NC_017473	GAT	2	6	7072	7077	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818542
124	NC_017473	CGG	2	6	7207	7212	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385818542
125	NC_017473	ATGA	2	8	7225	7232	50 %	25 %	25 %	0 %	385818542
126	NC_017473	AAG	2	6	7261	7266	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385818542
127	NC_017473	TTG	2	6	7277	7282	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385818542
128	NC_017473	TGC	2	6	7472	7477	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385818542
129	NC_017473	CAA	2	6	7485	7490	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385818542
130	NC_017473	GATT	2	8	7497	7504	25 %	50 %	25 %	0 %	385818542
131	NC_017473	ATG	2	6	7517	7522	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818542
132	NC_017473	GTT	2	6	7540	7545	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385818542
133	NC_017473	TTG	2	6	7567	7572	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385818542
134	NC_017473	CGGT	2	8	7595	7602	0 %	25 %	50 %	25 %	385818542
135	NC_017473	GAC	2	6	7605	7610	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385818542
136	NC_017473	CCG	2	6	7618	7623	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385818542
137	NC_017473	CGG	2	6	7728	7733	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385818542
138	NC_017473	AT	3	6	7863	7868	50 %	50 %	0 %	0 %	385818542
139	NC_017473	GAAAA	2	10	7915	7924	80 %	0 %	20 %	0 %	385818542
140	NC_017473	TGG	2	6	8069	8074	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385818542
141	NC_017473	ATC	2	6	8135	8140	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385818542
142	NC_017473	TCG	2	6	8154	8159	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385818542
143	NC_017473	TGA	2	6	8238	8243	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818542
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149	NC_017473	TGAAGA	2	12	8553	8564	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	385818542
150	NC_017473	AAG	2	6	8576	8581	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385818542
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158	NC_017473	ATG	2	6	8894	8899	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385818542
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160	NC_017473	GTT	2	6	8932	8937	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385818542
161	NC_017473	GCA	2	6	8972	8977	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385818542
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163	NC_017473	GACAA	2	10	9041	9050	60 %	0 %	20 %	20 %	385818542
164	NC_017473	ACGG	2	8	9234	9241	25 %	0 %	50 %	25 %	385818542
165	NC_017473	GAC	2	6	9454	9459	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385818542
166	NC_017473	CGA	2	6	9501	9506	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385818542
167	NC_017473	GCA	2	6	9518	9523	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385818542
168	NC_017473	CTG	2	6	9557	9562	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385818542
169	NC_017473	GCA	2	6	9573	9578	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385818542
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174	NC_017473	TTTC	2	8	9962	9969	0 %	75 %	0 %	25 %	385818543
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184	NC_017473	TTG	2	6	10889	10894	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385818544
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245	NC_017473	GCAG	2	8	14070	14077	25 %	0 %	50 %	25 %	385818548
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248	NC_017473	TTTC	2	8	14240	14247	0 %	75 %	0 %	25 %	385818548
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255	NC_017473	GCTG	2	8	15396	15403	0 %	25 %	50 %	25 %	385818550
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257	NC_017473	TGT	2	6	15479	15484	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385818550
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260	NC_017473	TCT	2	6	15575	15580	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385818550
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262	NC_017473	CTT	2	6	15708	15713	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385818550
263	NC_017473	CAT	2	6	15726	15731	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385818550
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